Алтарь костела был ориентирован на восток, на западной стороне здание было соединено с госпиталем. Остатки готических известняковых колонн, которые первоначально несли на себе крестовые своды, сейчас частично открыты в мощных барочных столбах.
Первый камень в основание костела был положен 21 мая 1252 года. Из малого количества источников известно только то, что до 1257 года были возведены лишь хоры костела. Три нефа храма были пристроены уже во времена правления короляВацлава II (1278–1305) в начале 70-х годов XIII века. Во время пожара в госпитале крестоносцев в 1378 году костел был частично поврежден.
Основной экспонат
Макет госпиталя крестоносцев и костела св.Франциска
показывает, как выглядел ареал крестоносцев в средние века. Простой длинный брус госпиталя пристроен к северному краю въездной рампы моста Юдифи.
Госпиталь соединен с коротким трехнефным костелом св.Франциска. У юго-западного угла госпиталя на первой мостовой опоре стоит въездная башня моста Юдифи.
Эта экспозиция находится в Музее Карлова моста, зал 15.